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No Massacre de Lisboa de 1506 - também conhecido como Progrom de Lisboa ou Matança da Páscoa de 1506, uma multidão movida pelo fanatismo religioso perseguiu, violou, torturou e matou entre duas mil e quatro mil pessoas, acusadas de serem judias. Isto sucedeu antes do início da Inquisição e nove anos depois da conversão forçada dos judeus em Portugal, em 1497, durante o reinado de D.Manuel I.

Cerca de 93 mil judeus refugiaram-se em Portugal nos anos que se seguiram à sua expulsão de Espanha, pelos reis católicos, em 1492. D. Manuel I mostrara-se mais tolerante para com o judaísmo, mas, sob a pressão de Espanha, também em Portugal, a partir de 1497, os judeus foram forçados a converter-se.

A historiografia situa o início da matança no Mosteiro de São Domingos (Santa Justa), no dia 19 de Abril de 1506, um domingo, quando os fiéis rezavam pelo fim da seca e da peste que tomavam Portugal, e alguém jurou ter visto no altar o rosto de Cristo iluminado — fenómeno que, para os católicos presentes, só poderia ser interpretado como uma mensagem de misericórdia do Messias - um milagre.

Um cristão-novo que também participava da missa argumentou que a luz era apenas o reflexo do sol, mas foi calado pela multidão, que o espancou até a morte.

A partir daí, os judeus da cidade foram o bode expiatório da seca, da fome e da peste: três dias de massacre sucederam-se,incitados por frades dominicanos que prometiam absolvição dos pecados dos últimos 100 dias para quem matasse os "hereges".

A corte encontrava-se em Abrantes - onde se instalara para fugir à peste - quando o massacre começou. D. Manuel I tinha-se posto a caminho de Beja, para visitar a mãe. Terá sido avisado dos acontecimentos em Avis, logo mandando magistrados para tentar pôr fim ao banho de sangue. Entretanto, mesmo as poucas autoridades presentes foram postas em causa e, em alguns casos, obrigadas a fugir.

Como consequência, homens, mulheres e crianças foram torturados, massacrados, violados e queimados em fogueiras improvisadas no Rossio. Os judeus foram acusados entre outros "males", de deicídio e de serem a causa da profunda seca e da peste que assolava o país. A matança durou três dias - de 19 a 21 de, Abril na Semana Santa de 1506 - e só acabou quando foi morto um judeu que era escudeiro do rei, João Rodrigues Mascarenhas, e as tropas reais afinal chegaram para restaurar a ordem.

D. Manuel I penalizou os envolvidos, confiscando-lhes os bens, e os dominicanos instigadores foram condenados à morte. Há também indícios de que o Convento de S. Domingos (da Baixa) teria sido fechado durante oito anos.

No seguimento do massacre, do clima de crescente anti-semitismo em Potugal e do estabelecimento do Tribunal do Santo Ofício — que entrou em funcionamento em 1540, perdurando até 1821 — muitas famílias judaicas fugiram ou foram expulsas do país, tendo como destino principal os Países Baixos e secundariamente, França,Turquia e Brasil, entre outros.

Mesmo expulsos da Península Ibérica,os judeus só podiam deixar Potugal mediante o pagamento de "resgate" à Coroa.No processo de emigração os judeus abandonavam suas propriedades ou vendiam-nas a preços irrisórios e viajavam apenas com a bagagem que conseguissem carregar.